为连接东部大型交通枢纽站火车站及机场，方便沿线乘客前往火车站、机场等客流集散点，换乘前往市区的公交线路，4月2日起机场公交39路火车站到牡丹机场将进行试运营。

机场公交39路的主场是火车站；副场是牡丹机场；发车方式为双向对发。首末班时间是早6:00至晚19：00，发车间隔为30分钟，票价为2元。线路走向：火车站——桂陵路——长江路——牡丹机场。

机场公交39路共36个站点，分别是：火车站、御庭园、开发区实验小学、长江路铁路小区（单）、星月绿城、菏建东城国际、长江路广州路西口（单）、日南路政大队、菏泽怡宁精神医院、东药生物工业园、张什店、冉贤集、金正大国际、中科能地源热泵厂、玉皇盛世化工、上海路公交停调车场、菏泽交投集团、长江路范阳路东口（单）、长江路范阳路西口（单）、菏泽传化公路港、菏泽现代医药港、杨李庄、长江东路刘庄（单）、长江东路张楼（单）、张庄刘花园、张庄东、陈集路口、三官庙、菏泽新东收费站、焦庄（单）、尚庙（单）、刘平坊（单）、成海村、半堤集路口、孙庄（单）、牡丹机场。